遵守化学相容性的规则不同基础肥料混合后，有些反应甚至会发生养分损失，如铵态氮（硝铵、硫铵和磷铵等）不应与化学活泼性的碱性肥料（如热法磷肥和钾碱等）混合以免失铵态氮（NH4+N），在掺混肥料中添加中和剂（如石灰石、白云石粉等）也会造成氮的损失，各种肥料混合时的相容性。有些反应会使临界相对湿度（CRH）降低，使产品吸结块，如尿素、硝铵不能直接掺混，因其混合物CRH只有18.1%，在多数地区均会吸潮,30℃时肥料及其混合物的临界相对湿度。
过磷酸钙与尿素混合后会析出结晶水，但氨化过磷酸钙和磷铵相混可制得物性稳定的描混肥，氨化过磷酸钙与硝铵或尿素混合并添加氯化钾所得产品比粒状普钙制得的描混肥料于燥，并具有较好的流动性，采用确铵配方可获得干燥和流动性好的接混肥，其养分浓度50%，面掺配普通过磷酸钙只有25%-31%。普钙与硫铵混合，开始时发变湖，然后结成硬块，_经破碎、筛分后才能使用。
近年来对基础肥料的改性处理或用情性物料对颗粒外表包膜技术的发的化肥加入混成为可能（如硫包衣尿素和控释尿素）

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